В одном из писем своему отцу из Каира весной 1814 г. Буркхардт писал:
«Никогда, никогда я не сказал ничего о виденном или встреченном мною, что не было бы вполне согласно с моей совестью, — ведь не для того же, чтобы писать романы, я подвергался таким опасностям!»

Иоганн Людвиг Буркхардт родился в 1784 г. в Лозанне в семье полковника французской армии. Получив домашнее образование, он затем учился на факультетах права, философии и истории в университетах Лейпцига и Геттингена. Семья рассчитывала, что он сделает карьеру юриста или дипломата, но 22-летний Иоганн избрал совершенно другой путь. Он отправился в Лондон, чтобы вступить в Ассоциацию по поддержке открытий во Внутренней Африке, где предложил поехать с экспедицией, чтобы найти исток реки Нигер. Так началась история экспедиции, которой так и не суждено было состояться.


Воротами в Африку тогда, как и сейчас, был Египет, и Буркхардт решил ближе познакомиться с исламом и арабской культурой, чтобы подготовиться к экспедиции. Еще в Лондоне он начал изучать арабский язык, прошел курс астрономии, медицины и химии, приучил себя спать на земле и есть только овощи, чтобы закалиться и привыкнуть к тяготам походной жизни. После учебы в Лондоне и Кембридже в 1809 г. он отправилcя на Мальту, откуда следующей осенью уехал в Сирию.
Когда он прибыл в Алеппо, арабы, обратив внимание на его странный акцент, стали спрашивать, откуда он. Буркхардт нашелся с ответом и сказал, что он мусульманский торговец из Индии и что язык его матери был не арабский, а хиндустани. Его тут же попросили произнести что-нибудь на этом языке. Естественно, не зная хиндустани, он ответил фразой на швейцарском немецком, что вполне удовлетворило сомневающихся. Буркхардт провел в Алеппо около двух лет, исследовал местные обычаи, усовершенствовал свой арабский и взял себе имя шейх Ибрахим ибн Абд Алла. Он так хорошо изучил Коран и комментарии к нему, что его легко принимали за мусульманского богослова.
В 1812 г. он отправился в Каир. Недалеко от Карака (это одна из первых крепостей крестоносцев) он услышал историю о необыкновенном древнем городе, скрытом в скалах, который его очень заинтересовал. Поскольку он не мог открыто проявить свой интерес, не навлекая на себя подозрения, он придумал легенду, будто бы дал обет принести в жертву ягненка в святилище пророка Аарона на горе Джебель Гарун, и местные бедуины согласились провести его туда. Во время путешествия проводник Буркхардта несколько раз предлагал ему совершить жертвоприношение не доходя до святого места и вернуться, но Буркхардт отказывался. И вот 22 августа после прохода через ущелье Сик им открылся прекрасный розовый фасад древней гробницы. К сожалению, Буркхардту пришлось, ничем не выказывая своего волнения и интереса, проследовать мимо. Пройдя через город, они достигли подножия горы Джебель Гарун, где Буркхардт и совершил долгожданное жертвоприношение, не поднимаясь уже к самому святилищу. Так миру была вновь открыта Петра — таинственный розовый город набатеев.
Это было отнюдь не единственное открытие Буркхардта, которое без преувеличения можно назвать выдающимся. В 1813 г. в Абу Симбеле он же нашел место, где находился храм Нефертари, а на некотором расстоянии от него, заметив занесенные песком верхушки статуй святилища Рамсеса II, он записал в своем дневнике: «Я думаю, если расчистить песок, можно найти большой храм». По иронии судьбы тогда это место было засыпано песком, а сегодня находится под водой.
Буркхардт путешествовал один, часто совсем без средств под видом бедного торговца. Он мог пообедать горстью проса, а во время посещения Мекки и Медины зимой 1814–1815 гг. он заболел перемежающейся лихорадкой, что чуть не стоило ему жизни.
 Буркхардт посетил Египет, жил с бедуинами на Синае, побывал в Нубии, Сирии, Ливане, на берегах Мертвого моря и у истоков Иордана. Везде, где бы он ни был, он вел путевые заметки, за которые его, безусловно, убили бы как шпиона, найди их кто-нибудь. Он подробно описывал людей, обычаи, историю, делал зарисовки и составлял карты, практически открыв дорогу на Восток для европейцев. По его дневникам были изданы «Путешествия по Нубии», «Путешествия по Сирии и Святой земле», «Путешествия по Аравии», «Арабские поговорки», «Заметки о бедуинах и вахабитах». К сожалению, все работы, которые сделали его знаменитым, были опубликованы только после его смерти.
Осенью 1817 г. Буркхардт в Каире ожидал возможности присоединиться к каравану, который шел по Нилу к реке Нигер. Такого путешествия не совершал еще ни один европеец. К сожалению, его заветная экспедиция так и не осуществилась. Подхватив очень тяжелую форму дизентерии 15 октября 1817 г. Буркхардт скончался со словами: «Напишите матери, что мои последние мысли были о ней». Ему было всего 33 года. Свою огромную коллекцию восточных манускриптов он завещал Кембриджскому университету.
Похоронен Буркхардт в Каире, и его могила стала, наверное, самым посещаемым среди погребений путешественников XIX в. На нем до сих пор можно прочитать надпись на арабском: «Это могила благословенного и принятого Божьей милостью почтенного покойного шейха Ибрахима, праведного сына Абд Аллы Буркхардта из Лозанны».